Eceabat'a ilk yerleşenler Traklar'dır. Bu yerleşmeler Eceabat'ın Madytos, Sestos ve İdaion'a yapılmıştır. Coğrafyacı Strabon'a göre kenti Midilliler kurmuştur.
Osmanlı'lar 1354'te Rumeli'ye geçerken Ece Bey Maydos'u aldı ve kente Eceabat adı verildi. Yunan işgalinden 26 Kasım 1922'de kurulan Eceabat, Cumhuriyet döneminde tekrar kuruldu.