İlk temelleri 1844 yılında Bariye Nezaretine bağlı Hazine-i Hassa Vapurları İdaresi’nin
İzmit,
İstanbul,
Tekirdağ ve Gemlik iskeleleriyle birlikte; İstanbul’daki
Sirkeci-
Adalar, Sirkeci-
Yeşilköy ve Sirkeci- Pendik arasındaki vapur işletmelerine dayanmaktadır.
Ardından belli yerlerde şehir hatları kurulmuştur. AKAY İdaresi bunlardan sadece bir tanesidir ve 1933 yılında kurulmuştur.
Günümüzde tarihi açıdan önem taşıyan yolcu vapur iskelelerinin renovayonu yapılmıştır ve bazı iskeleler yeniden inşa edilmiştir. 2010 yılında İstanbul Şehir Hatları Turizm ve Tic. ve A.Ş’in kurulumundan sonra şehir hatları iskeleleri yeni şirketin yönetimine bırakılmıştır.