MÖ 7.yy.dan itibaren Ege'nin önde gelen ticaret, kültür, sanat ve bilim merkezi olmuştur. MÖ 546 da Perslerin eline geçen kent, tümüyle yakılıp yıkılmış, 479 da Perslerin yenilmesi üzerine de yeniden kurulmuştur. Kentin ikinci kuruluşunda mimar ve tarihin ilk kent plancısı sayılan Hippodamıs'un dik açılarla kesişen geometrik planı uygulanmıştı. MÖ 334 te Büyük İskender, daha sonra Seleukos ve Bergama krallıklarının ardından, Roma döneminde bağımsız bir kent olan Miletos, anıtsal mimarlık yapıları ile donatıldı. Felsefe tarihinin büyük filozofları Thales, Anaximandros, Anaximenes, tarihçi Hekataios, Ayasofya'nın mimarlarından İsidoros Miletos'ta yetişmişlerdi.
Orta çağlarda Büyük Menderes ırmağının getirdiği taşkın nedeniyle bataklığa dönüşen ve denizle bağlantısı kesilen kent, giderek önemini yitirdi. Türklerin Anadolu'ya egemen olduğu Plataia (Balat) yerleşimi ile 18 yy. a kadar devam etti. Balat limanı, Anadolu ve Asya dan gelen malların ihraç edildiği önemli bir ticaret limanıydı.
Ören yerinde; 140 mt. Genişliğinde ve 30 mt. Yüksekliğinde 15.000 kişilik tiyatro, palaestrası (spor alanı) ile birlikte oldukça sağlam durumdaki Faustina hamamı,serapis tapınağı, piskoposluk kilisesi, kilise avlusuna bitişik kutsal mezarlık kalıntıları, agora, 100 mt. Uzunluğunda tören yolu, tören yolunun doğu ucunda liman kapısı, kutsal alanda bereket tanrıçası Dmeter ile kızı Kora ya sunulmuş iki tapınak, anıtsal çeşme (nymphaion), gymnasium, hamam, stadium, Delphinion, Zeus Olympios temenosu, bouleterion, Mısır tanrılarının temenosu kalıntıları bulunmaktadır. Agoranın güneyindeki tepede, kentin en önemli yapısı olan Athena tapınağının yerlerine dikilmiş sütunları etkileyicidir.
Miletos antik şehrini Kuşadası, Didim ve Selçuk da kalan turistler yoğun olarak ziyaret etmektedir.